一是接到事故报告后，铁道部立即启动应急预案，部党组书记、部长盛光祖等领导同志第一时间赶到调度指挥中心，制定救援方案。盛光祖部长对救援作出具体部署：立即组织足够力量，尽最大努力，以最快速度抢救伤员，把伤亡降至最低程度；协调地方政府和卫生部门，不惜一切代价，对受伤人员进行救治；对滞留旅客搞好服务和转运工作；对事故进行深入分析，查清原因，深刻吸取教训。盛光祖部长，胡亚东、卢春房副部长，铁总何玉华主席及有关司局负责同志迅速赶赴事故现场组织救援工作。
二是铁道部领导紧急与浙江省领导沟通联系，请求地方政府组织力量，对救治伤员、事故救援等工作给予全力支援。
三是上海铁路局局长、党委书记立即赶赴现场，组织铁路干部职工，迅速展开伤员救治和事故救援，做好滞留旅客的服务和转运工作。发生事故列车的旅客已转运到温州南站。